Vamos nos basear no dominio http://exemplo.com

Digamos que tem um directório/pasta chamada de teste (http://exemplo.com/teste). Seja este directório um subdomínio, um simples directório ou esteja configurado como domínio adicional. Quer que outro utilizador tenha acesso a este directório, porém, não quer correr o risco deste utilizador aceder a outras pastas da sua conta.

Para isso é que serve o Gestor de FTP. Para que este utilizador aceda somente ao directório teste.

Para criar uma conta de FTP, aceda ao cPanel > Gestor de FTP > FTP://Accounts > Adicionar conta FTP

Irá definir o login e password deste utilizador e no último campo informar qual o directório a que este utilizador terá acesso.
Ex.: Caso seja o diretório teste, indique "/teste" (sem aspas)
Caso seja o diretório teste/site, indique "/teste/site"

Uma atenção especial deve ainda ser ser dada ao nome do utilizador na hora de se ligar no programa de FTP. Caso o utilizador se chame teste, o mesmo irá ligar-se no ftp indicando "teste@exemplo.com"

No caso das outras opções:

Configurar Acesso Anónimo de FTP
Esta opção permite que qualquer utilizador sem identificação possa aceder a uma conta de ftp, no caso de por exemplo acesso para download.
Mas atenção, esta opção somente é disponível caso a conta em questão possua um ip próprio para o seu site.

As outras opções já se explicam por si mesmas:

Mensagem de FTP Anónimo:
Pode editar a mensagem de boas-vindas que o utilizador irá ver ao logar-se no seu FTP.

Controle de Sessõo FTP:
Permite que desconecte utilizadores de sessões FTP.